通过全部笔试和实践环节考试后，考生就该申请撰写本科毕业论文了。一般情况下，考生要经历如下五关，才能完成毕业论文，申请毕业：
　　1、资格审定；
　　2、交费并确定指导教师；
　　3、听论文讲座；
　　4、考生撰写论文提纲并接受指导教师指导；
　　5、论文答辩。
　　1、资格审定 凡按专业考试计划参加考试并取得本科规定的全部课程(含笔试及课程实践考核)合格成绩的考生，可在规定的时间(上半年6月下旬、下半年12月下旬)，携带准考证、专接本证明、专科毕业证书原件(本科毕业生需携带本科毕业证书原件)、各科考试成绩单及免考证明、个人的论文选题方向等有关材料到指定地点进行资格审定。
　　2、交费并确定指导教师 考生在通过资格审定后要在规定时间(通常一周左右)到主考院校办理交费手续。主考院校将依据考生事先申报的选题方向，为考生确定指导教师。在与指导教师联系前，考生应结合选题尽可能多地搜集有关资料，通过归纳、消化初步形成论文写作的思路，以便于师生间的沟通、交流，使指导教师能有的放矢地加以指导。
　　3、论文讲座 什么叫论文?怎样选题?怎样收集材料、提炼观点?怎样结构文章?这些都是考生在论文写作前普遍感到困惑并将影响论文写作质量的关键问题。论文讲座的目的就是帮助考生理清思路，解除困惑，并最终顺利完成论文。因此，这也是考生必须认真对待的重要环节。论文讲座的时间通常安排在交费前后，由高校相同或相关专业的教师主讲。
　　4、考生撰写论文提纲并接受教师的指导 在与指导教师第一次见面后，考生将根据指导教师的要求，对已有的写作思路进行丰富或修正，并形成论文写作提纲。对于写作者来说，提纲质量的高低，直接关系到论文写作的成效。毫不夸张地说，写好了论文提纲，也就等于完成了论文写作任务的一半。这里需要提醒考生的是，论文的正式写作应在提纲得到指导教师的认可后方可展开；论文从提纲到成稿，一般要经历多次反复。考生应虚心接受导师的指导，认真地对自己的论文进行修改和完善。
　　5、论文答辩 论文在正式定稿后，考生将进入论文写作的最后一个环节——答辩。答辩前，考生应将定稿后的论文按要求打印若干份交给有关教师，以备答辩之需。 论文答辩通常在5月底或11月底前进行(具体安排由各主考院校确定)。论文答辩的程序基本由三项组成：考生简要地阐述论文的写作动机、内容梗概和基本观点；答辩小组成员就考生论文内容进行提问；如果答辩小组认为必要，还会对涉及论文的专业范围内的其他问题加以提问。这些提问都需要考生认真加以回答，并会影响到考生的论文成绩。
　　特别需要提醒考生的是，各专业的论文写作周期与考核方式并不完全一致。大多数专业从资格审定到论文答辩结束，前后5个月左右。但也有例外，如计算机及应用、建筑工程等专业，其毕业设计周期为一年。此外，与多数专业的毕业考核方式不同，英语专业采用的不是论文写作答辩的方式，而是分英语国家文学、英美社会文化、翻译三个方面采用现场笔试的方式进行考核。